L-isem ta’ Marsaxlokk ġej mill-kliem li jfissru l-Port tax-Xlokk. Meta l-Feniċi vvjaġġaw dritti minn Tyre u Sidon (modern) il-Libanu, huma kienu jidħlu f ’din il-port salv u jivvjaġġaw lejn il-post magħruf bħala Tas-Silġ, fejn, fost binjiet importanti oħra, arkeologi skoprew fdalijiet ta’ tempju ddedikat lil Astarte.
Ftit huwa magħruf dwar dan ir-raħal matul il-medjuevu. Madankollu, matul jum is-Smewwiet tal-Imperu Tork, meta l – gwerriera tiegħu kienu jħottu u jattakkaw lil Żejtun, ir-raħal prattikament tneħħa minħabba l-periklu li jinqatel jew jinqabad u jinbiegħ bħala skjavi. Imma hekk kif il-qawwa tal-Imperu Tork u l-attakki pratiċi naqsu, ir-raħal beda jikber bil-mod il-mod. Illum dan ir-raħal kiber u żviluppa f’attrazzjoni turistika, bl-istil ta’ ħajja sempliċi tiegħu.
L-ewwel darba li ssemmiet il-popolazzjoni kienet fl-1890, li kienet tammonta għal 210 ruħ. Għall-ewwel, dan ir-raħal kien meqjus bħala ċentru tas-sajf u ħafna nies mill-bliet u l-irħula mill-bogħod kienu jgħaddu mit-tliet xhur tas-sajf. Madankollu, hekk kif għadda ż-żmien, in-nies bdew jibqgħu s-sena kollha. Skont iċ-ċensiment tal-1961, il-popolazzjoni kienet tammonta għal 778. Fis-sena 2006, il-populazzjoni telgħet għal 3,200.